CHU Nantes : la plateforme de tests à haut débit démarre doucement

Bâtie autour du robot extracteur d’ARN fourni par le ministère, la plateforme de tests haut débit du CHU de Nantes vient en complément des laboratoires d’analyses de test, dans le cadre des opérations de dépistage du Covid-19.

Début avril, le ministère de la Santé avertissait les candidats à l’accueil de la plateforme de tests à haut débit dont il dotait chaque région pour doper sa capacité en tests PCR, le nouveau sésame contre l’épidémie : ce type de structure nécessiterait une équipe de 60 à 80 personnes.

L’équipe de la plateforme, mi-mai

« Nous avons choisi de n’augmenter la charge en personnel qu’en proportion de la demande de tests, a indiqué, le 20 mai dernier, le professeur Marc Denis, chef du pôle biologie du CHU de Nantes, en faisant visiter son tout nouveau laboratoire. « Nous sommes six pour le moment et pensons atteindre la cadence demandée, 2000 tests par jour, avec 30 personnes ».

Une « petite fortune » en réactifs

A Nantes, l’automate démarre donc tranquillement. Les opérations de dépistages dans la région n’en demandent pas plus. Fin mai, huit foyers de contamination avaient éclos, vite circonscrits, dont deux abattoirs. « 2000 à 3000 tests par jour maximum en ce moment, nous ne sommes pas débordés, confirme l’Agence régionale de la santé (ARS) des Pays de la Loire. Les laboratoires déjà en place peuvent analyser 5000 prélèvements. La plateforme en ajoutera 2000 si nous en avons besoin. »

Marc Denis à côté des réactifs

Le robot chinois, pièce centrale de la nouvelle plateforme et dotation du ministère, est arrivé le 25 avril. C’est un extracteur d’ARN (acide ribonucléique). Il a été installé à l’hôpital Nord du CHU dans une ancienne tumorothèque de 200 m2. « Le labo était nu. Les tables, les chaises, tout a été à commander. La dotation, outre le robot, comprenait aussi les écouvillons et les réactifs nécessaires pour 100 000 tests. Mais à 30 euros la dose, c’est une « petite fortune » qui attend dans nos frigos, bien plus conséquente que le prix du robot lui-même », observe Marc Denis.


Deux thermocycleurs, un robot « starlette »

Une fois qu’il a éventuellement extrait l’ARN du virus, le robot ne révèle pas sa présence dans le prélèvement. Celle-ci n’est avérée qu’à l’aide de deux thermocycleurs dont la mission est de faire varier énormément et vite la température, pour identifier la présence de l’ARN par fluorescence. Ces thermocycleurs étaient à la charge du CHU. Ils ont, en fait, ont été prêtés par un fournisseur de matériel médical et par une unité Inserm de l’institut du thorax du CHU de Nantes.


Le placement des plaques d’échantillons à analyser

A chacune de ses opérations, le robot traite deux plaques de 96 échantillons. Pour y placer ces tubes de « milieux réactionnels » fabriqués à partir des prélèvements, le CHU va se doter, mi-juin, d’un robot supplémentaire, dit « starlette ». « Il évitera la fatigue du laborantin, quand ce travail est fait manuellement et donc des erreurs », indique Marc Denis.

Formation par visioconférence

Cet autre robot réduira encore le besoin en personnel. « Dans les 60 à 80 personnes prévues par le ministère, 30 secrétaires étaient d’affectées à la saisie des informations relatives au prélèvement. Par bonheur, le code barre assigné à chaque prélèvement nous a permis d’éviter cette étape », explique le chef du pôle biologie. Un « chantier » informatique conséquent a précédé la mise en route de la plateforme.

A la livraison du robot, le technicien chinois accompagnateur est vite reparti. Les ingénieurs du laboratoire de génétique du CHU « recrutés » pour la plateforme ont été formés sur le nouveau matériel par visioconférence. « Par la suite, dès que nous rencontrons un problème, nous échangeons sur le réseau des 21 plateformes identiques en France et en particulier avec le centre référent de Lyon qui fournit aussi les échantillons-témoins, comprenant ou pas le virus, qui permet de vérifier le bon fonctionnement du robot », précise Virginie Guibert, l’un des deux ingénieurs.

Astreintes dans les laboratoires et navettes

Chaque cycle du robot extracteur dure deux heures, délai incompressible au milieu de la chaîne d’opérations doit aboutir au résultat communiqué à la personne testée en moins de 24 heures. Ainsi qu’au médecin prescripteur du test, à l’Assurance Maladie, etc. C’est qu’entre-temps, la personne testée est isolée de façon préventive, pour ne pas transmettre le virus. « Respecter ce délai, en semaine, ne pose aucune difficulté. Le personnel ne manque pas. Pour le week-end et les jours fériés, nous allons instaurer un régime d’astreintes dans les laboratoires dans les jours qui viennent », complète l’ARS.

Autre variable, le rapatriement vers les laboratoires des échantillons de muqueuse rhino-pharyngée collectés dans les 125 centres de prélèvements de la région. Pour cela, qu’ils soient publics comme privés, les laboratoires ont instauré des systèmes de navettes alentour. Le CHU de Nantes en fera de même pour sa nouvelle plateforme.

Pour le moment, celle-ci teste surtout les collectes des « drives » installés au pied du CHU Nord de Nantes et de l’hôpital de Saint-Nazaire. A l’autre bout de la chaîne, pas de risque de délais. Le résultat du test, dès qu’il est connu, est automatiquement envoyé par informatique à la personne testée, aux médecins, et à la base de données SIDEP, logée à l’AP-HP.
Réagir à cet article

Votre adresse e-mail ne sera pas publiée.